В ходе выполнения своей миссии протяженностью в один год MESSENGER вышел невредимым из второго из четырех горячих периодов.

Первый горячий период начался 9 августа и длился около месяца. За это время MESSENGER приблизился к Меркурию и периодически работал на дневной стороне планеты. Тепловой щит аппарата нагревался до температуры 350 градусов по Цельсию и операторы периодически выключали солнечные панели и поворачивали их ребром к Солнцу, чтобы избежать перегрева и поломки главного источника энергии.

Второй горячий период длился с 20 августа по 29 августа, а орбита зонда позволяла периодически «прятаться» в тени планеты. Тем не менее, в «темные» периоды, длящиеся более 35 минут, MESSENGER-у приходится переключаться с солнечных панелей на аккумуляторы и выключать часть научных приборов. По описанию операторов зонда, управление MESSENGER-ом похоже на вождение автомобиля по запутанной трассе с сильнейшими перепадами температуры каждые 12 часов. Поэтому надежность сложной системы электропитания, обусловленная экстремальными условиями вблизи Меркурия, вызывала наибольшее беспокойство инженеров НАСА.

Однако даже с определенными проблемами в управлении системами спутника, ученым удалось точно настроить приборы зонда и наладить непрерывное получение данных с MESSENGER-а. Причем аккумулятор работает отлично, что позволяет использовать два дополнительных инструмента для проведения непрерывных наблюдений в период отключения солнечных панелей. Таким образом, в дополнение к гамма-спектрометру, в течение всего горячего периода работали нейтронный спектрометр и магнитометр.

После второго горячего периода MESSENGER также скорректировал орбиту с высоты 470 до 200 километров. Это третья из пяти ожидаемых корректировок.